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Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  33 lines

  1. ********************************************************
  2. * Bacterial regulatory proteins, deoR family signature *
  3. ********************************************************
  4.  
  5. The many bacterial transcription regulation proteins which bind DNA  through a
  6. 'helix-turn-helix' motif can  be  classified into subfamilies  on the basis of
  7. sequence similarities. One  of these subfamilies groups together the following
  8. proteins [1,2]:
  9.  
  10.  - accR, the  Agrobacterium  tumefaciens  plasmid  pTiC58  repressor  of opine
  11.    catabolism and conjugal transfer.
  12.  - deoR, the Escherichia coli deoxyribose operon repressor.
  13.  - fucR, the Escherichia coli L-fucose operon activator.
  14.  - gatR, the Escherichia coli galacticol operon repressor.
  15.  - glpR, the Escherichia coli glycerol-3-phosphate regulon repressor.
  16.  - gutR (or srlR), the Escherichia coli glucitol operon repressor.
  17.  - lacR, the streptococci lactose phosphotransferase system repressor.
  18.  - yihW, an Escherichia coli hypothetical protein.
  19.  
  20. The 'helix-turn-helix' DNA-binding motif of these proteins  is  located in the
  21. N-terminal part of the sequences.  The pattern we use to detect these proteins
  22. starts fourteen residues before the HTH motif and ends one residue after it.
  23.  
  24. -Consensus pattern: R-x(3)-[LIVM]-x(3)-[LIVM]-x(20)-T-[LIVMA]-R-[KRA]-D-[LIVM]
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  26. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  27. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  28.  
  29. [ 1] von Bodman S., Hayman G.T., Farrand S.K.
  30.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89:643-647(1992).
  31. [ 2] Bairoch A.
  32.      Unpublished observations (1993).
  33.